做自己喜欢和擅长的事，效率会更高。这点支持楼主。
建议你跟经理好好的谈一谈，注意语气，不要顶撞。
比如打个比方：
让你做 Linux 相关的，你 8 个小时可以创造市场正常水平 8 个小时的价值。
让你做 Windows 相关的，你 8 个小时只能创造市场正常水平 1 个小时的价值。
然后公司本来想让你做 4 小时 Linux+4 小时 Windows 的，原本应该一个工作日 8 个小时做完的事，就要花 4 小时+32 小时=4.5 个工作日
如果经理和公司还是坚持要你做 Windows 的，那也是来为你的时间买单。
一个优秀的公司和优秀的经理，应该把人才放在最适合他的岗位上，这样才是共赢。

但从公司角度来说，让你多做点 Windows 的可以节省公司的开支，一人多用嘛。
另外不要让经理和公司觉得你是一个不好管理，会破坏公司制度的员工。

最后，同意楼上一些人的观点，提高你的核心竞争力，提高你的话语权才是王道。